在配置流动相时，应避免以下坏习惯，这些习惯可能会导致液相色谱系统污染：
1. 在添加有机相后测量流动相的pH值：在水溶液中，pH值被校准以提供正确的pH值。如果你用添加了有机相的水溶液来测量pH值，pH值就会与有机相添加前的pH值不同。
2. 不使用缓冲盐：缓冲盐的加入是用来控制和修正流动相中PH值的改变的。样品基质、空气中的CO2、水中的杂质都会造成流动相PH值的改变，而PH值的改变会影响样品的保留、峰形、峰面积参数。
3. 没有在正确的缓冲区间使用缓冲盐：每个缓冲盐都有一定的缓冲范围，在此范围内它提供了最佳的pH稳定性。在这个范围外，缓冲盐在抵抗pH值变化方面是无效的。所以要么在正确的范围内使用缓冲盐，要么选择一个缓冲范围覆盖所需pH值的缓冲盐。
4. 向有机相中加入缓冲盐：如果将水相的缓冲溶液加入到有机相中，会大大增加缓冲盐析出的风险。缓冲盐的析出在初期可能并不明显，但会对仪器的各个部件都会产生一定影响。
5. 梯度洗脱时直接用泵去混合流动相并且流动相比例从0%开始：现在的液相色谱能够非常高效的进行在线脱气和流动相混合。但是将梯度洗脱比例从0%开始，会有比较大的出现气泡和沉淀的风险。
6. 没有使用正确的pH值修饰酸或碱作为缓冲液：缓冲溶液的修饰酸或碱，只使用生成缓冲盐的酸或碱。例如，磷酸钠缓冲液只能用磷酸或氢氧化钠调节。
7. 没有在方法中说明缓冲液的全部信息：例如只在方法中写“称5克磷酸钠溶入1000毫升水”。缓冲盐的类型决定其pH缓冲范围，而缓冲盐中所需物质的浓度决定了缓冲强度。例如:5g的无水磷酸钠和5g的一水磷酸钠具有不同的缓冲强度，会影响保留率。
8. 使用仪器时不调查之前使用的流动相情况，直接用纯有机溶剂冲系统：如果之前的方法在B通道使用缓冲溶液，而这次没有经过调查就直接在B通道使用了纯的有机溶剂，那么就会造成该通道缓冲盐析出、出现堵塞等风险。
9. 将溶剂瓶中的流动相用干为止：溶剂瓶中的流动相如果用干，会导致仪器中出现气泡等问题。
10. 仅使用超声来给流动相脱气：超声脱气有一定的脱气作用，但完全脱气的效果并不理想。所以在此建议使用真空脱气机进行在线脱气。
